化粧品製造業の許可には区分として、化粧品製造業（一般）と化粧品製造業（包装・表示・保管）の２種類の許可があります。
化粧品製造業（１号区分）、化粧品製造業（２号区分）という説明が行政書士さんや倉庫業者さんのサイトでたまにありますが（結構な頻度で見られます）
化粧品製造業（１号区分）や化粧品製造業（２号区分）なんて許可は存在しません。
化粧品製造業許可を取得すると化粧品製造業許可証が都道府県薬務課から出されますが、
この許可証の許可の区分の欄には 「化粧品 一般」や「化粧品 包装・表示・保管」と書かれています。
また、都道府県薬務課の方が１号、２号なんて言葉を使うのを聞いた事もありません。
では、なぜ行政書士さんや倉庫業者さんがどこから１号区分や２号区分と言う言葉が出て来たのかを推理した結果
医薬品、医療機器等の品質、有効性及び安全性の確保等に関する法律施行規則
（製造業の許可の区分）
第二十五条 法第十三条第二項に規定する厚生労働省令で定める医薬品の製造業の許可の区分は、次のとおりとする。
３ 法第十三条第二項に規定する厚生労働省令で定める化粧品の製造業の許可の区分は、次のとおりとする。
一 化粧品の製造工程の全部又は一部を行うもの（次号に掲げるものを除く。）
二 化粧品の製造工程のうち包装、表示又は保管のみを行うもの
上記の一を１号、二を２号区分と勝手に表して書いたものと思われます。
薬機法（医薬品、医療機器等の品質、有効性及び安全性の確保等に関する法律）（旧薬事法）や施行規則を頑張ってお勉強したのでしょうが、実務を全くやったことが無いのがわかります。