化粧品の許可である化粧品製造販売業や化粧品製造業の許可は誰が許可を出すかというと都道府県知事です。
多くの方が厚生労働省から許可を受けていると勘違いしていますが
これは薬機法（旧薬事法）が日本国の法律だから厚労省からの許可と思ってしまうわけです。
たしかに法は国の法律ですが、
その運用は各都道府県が行っているため
許可のための審査や行政指導も各都道府県薬務課が行い
各都道府県知事が許可を出します。
同じ法律なのですが、その解釈や品質管理、安全管理の考え方の違いから大きく違う運用がされているのが実情でして
４７のお国があると思った方が良いでしょう。
同じ日本の中でも厳しい運用を求める県やゆるゆるでも良い県があるのが現実です。
分かりやすい例でいえば、安全管理情報の収集を行政（各都道府県や厚生労働省、PMDAなど）や業界団体や文献などから行うのですが
その収集頻度について（手順書で規定する）
月に1回行う・・・・・・・・多くの県でOK
週に1回行いなさい・・・・・超厳しい翔県
特に収集頻度は求めない・・・たこやき府
このように、大きく違いわけです。
同じ日本の化粧品製造販売業者だから同じ品質管理、安全管理がされているとは限らないと思ったほうが良いでしょう。
参考に許可申請や届出をどこへ出すかをまとめたページをお読みください。
化粧品の許可や届などの申請提出先と手続日数や有効期限
化粧品や医療機器の許可等は誰に申請出す誰が許可等する許可等の有効期限は